Ci sono nove sfide su cui concentrarsi quando si incorporano i probiotici nelle matrici alimentari. Essi sono: 1. selezione del ceppo, 2. produzione del ceppo, 3. come inoculare il cibo, 4. come garantire la sopravvivenza durante la lavorazione, 5. come evitare la perdita di vitalità durante lo stoccaggio, 6. come calcolare il conteggio delle colonie [probiotici], 7. Effetti sulle proprietà sensoriali degli alimenti, 8. [Conservazione del prodotto] stabilità nelle case dei consumatori, 9. E svolgono un ruolo nel tratto gastrointestinale.
In particolare, nei succhi, gli acidi organici spesso portano il pH del prodotto al di sotto di 4, il che inibisce la sopravvivenza dei probiotici. Nella selezione, quei probiotici che tollerano il pH basso dovrebbero essere considerati, come Lactobacillus su Bifidobacterium.